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Progettato nel 1720 da Gerolamo Frigimelica, il labirinto di Villa Pisani è uno tra i più famosi e meglio conservati d'Europa. I suoi nove cerchi concentrici di siepi di carpini, ora di bosso, erano luogo di divertimento e giochi amorosi durante i periodi di villeggiatura. Un lungo e complesso percorso ha come meta una torretta, alla cui sommità si accede salendo una delle due scalette elicoidali che la avvolgono. Sulla torretta la statua di Minerva, dea della Ragione e protettrice di tutte le arti, accoglie il visitatore al termine della sua "fatica".
Il labirinto vegetale è una struttura viva e necessita di una costante attività di cura delle siepi e dei viali. Per mantenere la salute delle piante sono indispensabili interventi di pulizia, scerbatura, potatura, zappatura, concimazione e trattamenti fitosanitari, svolti periodicamente tra febbraio e ottobre.
Durante i mesi di apertura del labirinto al pubblico le attività di manutenzione si concentrano nei giorni di chiusura del museo. Il passaggio di un elevato numero di visitatori lungo i viali di questa fragile architettura verde può rendere necessari interventi di manutenzione eccezionale anche durante i giorni di prevista apertura.